FPGA的开发通常被认为比传统的软件开发更具挑战性。FPGA编程需要使用硬件描述语言(HDL),如VHDL或Verilog,这与传统的高级编程语言(如C、Python)有很大的不同,开发者需要掌握硬件设计的基础知识。虽然近年来许多厂商提供了高层次综合(HLS)工具,如AMD的Vivado HLS和Intel的OpenCL,这些工具允许开发者使用高级语言(如C/C++)进行开发,大大降低了入门门槛。但FPGA的调试涉及硬件级别的信号追踪和分析,比软件调试复杂,且需要使用专门的硬件调试工具和仿真环境,这对开发者的硬件设计和调试能力提出了很高的要求。加之FPGA设计需要进行综合(Synthesis)、实现(Implementation)和时序分析(Timing Analysis)这些步骤,其开发周期通常比软件开发长。故相比于软件开发,FPGA的开发仍然要求有较高的专业知识和技能。